L'Automne est polluée car, tout de suite après la source, elle reçoit l'eau de la station d'épuration de Villers Cotterêts. A cet endroit-là, le volume d'eau de la station est parfois plus important que le volume d'eau qui vient de la source. Comme son affluent principal, lui, reçoit l'eau de la station d'épuration de Crépy en Valois, c'est très difficile d'avoir une eau assez pure pour que de nombreuses espèces de poissons  y vivent.

La pente de la rivière n'est pas assez forte, les feuilles des peupliers qui ont été plantés en grand nombre dans la vallée, quand elles tombent, envahissent le lit de la rivière. Elles ralentissent encore l'eau et en plus elles sont toxiques pour la vie aquatique.
Pour ne pas que la rivière étouffe, il ne faut donc pas d’arbres trop près du bord. Il faut nettoyer les rives de la rivière pour éviter les éboulements, les branches dans l’eau. Tout cela empêche la rivière de couler correctement donc de respirer.

Le ruissellement de l'eau de pluie amène à la rivière de nombreux polluants : gaz d'échappement , hydrocarbures des routes, produits des champs (engrais, pesticides).

Comme on a supprimé les haies qui, avant, retenaient la boue et l’eau pour agrandir les champs, les risques de ruissellement fort, comme pendant les orages, sont plus nombreux.